Awal berdiri MTsN Koto Tangah ini, mempunyai sejarah tersendiri bagi masyarakat Koto Tangah, Kota Padang. Pada tahun 1958, atas ide semangat gotong royong dan sumbangan swadaya tokoh-tokoh dan masyarakat Koto Tangah, Kota Padang berdirilah madrasah ini. Pada awalnya, madrasah ini merupakan Pendidikan Guru Agama (PGA) Nagari Koto Tangah, di mana pada saat itu masih berstatus swasta.

Setelah berumur sepuluh tahun berdirinya MTs ini, pada tanggal 1 Agustus 1968, atas kebijakan pemeritah Republik Indonesia melalui Departemen Agama, madrasah ini dialih status menjadi negeri yaitu Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) Koto Tangah, dan terakhir setelah dihapuskannya seluruh sekolah PGAN, madrasah ini menjadi MTsN Koto Tangah, Kota Padang, kemudian selanjutnya berganti nama menjadi MTsN 3 Kota Padang.